Hari Sabtu 27 Mei 2006 pukul 05.55 WIB terjadi gempa bumi tektonik berkekuatan 5,9 SR dengan pusat gempa berada di wilayah Kab. Bantul dengan kedalaman 33 Km. Ribuan nyawa melayang, ratusan ribu rumah penduduk hancur, ratusan sekolah roboh, puluhan Puskesmas/Pustu/RS/sarana pelayanan kesehatan rusak berat. Korban/kerusakan terbanyak ada di Bantul. Kekacauan terjadi, sistem telekomunikasi terganggu, listrik di berbagai tempat padam, banyak tersebar isu tsunami, dan kebetulan hari libur panjang. RS, Puskesmas Perawatan, dan klinik yang buka diserbu korban yang ribuan jumlahnya
Pada saat kejadian, respon akut yang dilakukan oleh RS Sarjito sangat membingungkan, karena sebagian besar dokter bedah dan dokter anestesi tidak ditempat dikarenakan ada pertemuan ilmiah di Bandung, Surabaya dan Makasar. Setelah saling berhubungan dan berkoordinasi, mereka memutuskan untuk segera kembali ke yogya agar dapat melakukan pelayanan. Korban semakin lama semakin bertambah di RS Sardjito, sehingga ditunjuk ketua tim dari tim Merapi yang sebelumnya direncanakan. Keadaan semakin kacau karena takut gempa susulan sehingga pasien di ungsikan keluar dengan tenda. Tidak hanya ruangan tetapi jumlah korban dengan jumlah petugas sangat tidak seimbang
Sementara itu, gudang farmasi Kab. Bantul yang terkunci dibobol karena puskesmas maupun pos pelayanan kesehatan lain membutuhkan obat. Keadaan gudang sangat berantakan disebabkan oleh beberapa obat berjatuhan dari rak dan obat dalam kemasan botol pecah. Bantuan mulai banyak berdatangan dari berbagai tempat, obat keluar masuk dengan sangat cepat. Masalah muncul karena keterbatasan tenaga serta bantuan yang datang tidak dilengkapi daftar obat yang diserahkan dan sebagian besar tidak mau dicek obatnya. Untuk memenuhi kekurangan tenaga, diminta karyawan dari seksi/subdin lain serta mahasiswa untuk membantu.
Pemda termasuk Dinas Kesehatan Bantul membuka Posko di Rumah Dinas Bupati. DinKes Propinsi DIY melakukan assesment ke sarana pelayanan kesehatan, dan melakukan distribusi makanan balita dan obat-obatan. Dinas Kesehatan Propinsi DIY melakukan koordinasi dengan Dinas PU untuk penyusunan sistem pembuangan sampah dan limbah medis. Pengaturan tim-tim bantuan medis di Kabupaten Bantul terus dilakukan oleh Dinas Kesehatan Kabupaten Bantul dengan jumlah staf 10 orang. Kebutuhan obat-obatan dan alat medis mulai disusun. Berbagai komponen dalam masyarakat bergerak. Tim Pusat Manajemen Pelayanan Kesehatan (PMPK) FK-UGM memfasilitasi penyediaan bantuan tenaga medik dari luar dan logistik untuk klinik. Oleh karena itu, dirasakan ada kebutuhan untuk sosok disaster manager dalam sektor kesehatan. Secara informal staf FK UGM meminta DinKes Propinsi untuk membentuk tim emergency di bawah kendali DinKes Propinsi.
PMPK/IKM UGM mulai membantu sistem pencatatan dan informasi dengan memperbantukan seorang staf dan seperangkat komputer. Bagian IKM FK-UGM sebagai komponen masyarakat melakukan kegiatan meliputi 4 hal, yaitu pemetaan, persiapan surveilans, persiapan infrastruktur telekomunikasi, buletin harian, dan fasilitasi pertemuan-pertemuan
Pembentukan tim emergency bencana (Crisis Center) di bawah Dinas Kesehatan Propinsi dengan dukungan WHO yang mencakup berbagai komponen di masyarakat (Brigade 118, perguruan tinggi, Depkes, dll). Kadinkes Bantul berkoordinasi dengan PMPK/IKM untuk berdiskusi tentang kondisi yang dihadapi, kebetulan bertemu dengan Dekan dan para Pembantu Dekan FK UGM yang juga sedang memikirkan apa yang bisa dibantukan ke Bantul. Pada saat itu juga terjadi kontak dengan Dekan FK Unhas Makassar, disepakati PT INKO dengan difasilitasi kedua FK akan membangunkan kembali Puskesmas Piyungan.
FETP UGM bersama WHO dan Dinas Kesehatan Provinsi dan kabupaten terlibat dalam rancangan maupun pelaksanaan surveilans sampai dengan analisisnya. Sampai pada hari ke-7 daftar penyakit untuk dilakukan surveilans pascabencana belum disepakati. Data penyakit yang dihimpun merupakan data penyakit seperti biasanya yang dalam kondisi bencana menjadi beban berat karena jumlah penyakitnya yang banyak
.
Tim pengelolaan bencana yang dipimpin oleh Dinas Kesehatan Propinsi DIY mulai berjalan secara efektif, termasuk mengatur berbagai pertemuan sub-group. Pada masa ini mulai terjadi proses perpindahan dari fase emergency ke fase recovery. Berbagai peralatan telekomunikasi mulai dipindahkan dari RS Sardjito ke Dinas Kesehatan Propinsi. Pemerintah (Dinas Kesehatan) semakin berperan sebagai koordinator kelompok masyarakat dan dunia usaha dalam menangani bencana. Ada berbagai sub-kelompok manajemen bencana antara lain: Pertemuan Teknis Imunisasi Akibat Bencana, Surveillance Penyakit, Rujukan Rumahsakit dan Puskesmas, Logistik, Kesehatan Jiwa Akibat Bencana, Pusat Data & Informasi Bencana
Tim manajemen bencana yang berada di bawah Dinas Kesehatan Propinsi diperkuat infrastrukturnya. Proses koordinasi sektor kesehatan termasuk orang asing oleh Dinas Kesehatan Kabupaten Bantul semakin membaik. Tim FK UGM melakukan koordinasi dengan kepala Dinas Kesehatan Bantul dan Wakil Bupati Bantul mengumpulkan seluruh kepala Puskesmas wilayah Bantul untuk segera membuka puskesmas dan kembali melakukan pelayanan. Dinkes Bantul memutuskan paling lambat H+7 Puskesmas sebagai pembina wilayah harus sudah berfungsi dalam mengendalikan para Tim Medis relawan di lapangan. Tidak hanya puskesmas, tetapi sekolah juga telah dibuka pada minggu kedua, dan saat itu ada ujian akhir nasional sehingga mereka melakukan Ujian di tenda karena sekolahnya tidak dapat digunakan.
..
Dari bencana Gempa Bumi Bantul membuat pihak FK UGM merasa perlu adanya suatu sistem dalam penanggulangan Bencana khususnya Manajemen Bencana. Oleh karena itu, Pusat Manajemen Pelayanan Kesehatan (PMPK) FK UGM kemudian membuka Divisi Manajemen Bencana pada tahun 2008 karena dirasakan begitu pentingnya adanya Divisi yang menangani bidang manajemen bencana. Lesson Learned dari kejadian gempa Yogyakarta ini menghasilkan pelatihan melalui table top yang disebut dengan Regional Disaster Plan. Melalui Operational Research maka FK UGM menjadi tempat pembelajaran dalam manajemen bencana.